هپاتیت اتوایمیون یا خودایمن، که در ابتدا با عنوان هپاتیت مزمن فعال (CAH) یا هپاتیت فعال مزمن (ACH) و اسامی مختلف دیگر شناخته شد، اولین بار در اواخر دهه ۱۹۴۰ مورد توجه کلینیکی قرار گرفت؛ هر چند که به احتمال فراوان، هپاتیت فعال مزمن (CAH)، پیش از این هم مشاهده شده بود و به عنوان یک عفونت پایدار ویروسی تخریب کننده کبد در نظر گرفته می شد.
عنوان جدیدتر و در عین حال بحث برانگیز هپاتیت لوپوئید، در سال ۱۹۵۶، بر مبنای مثبت شدن آزمایش L.E Cell به نوعی بیماری اطلاق شد که بر درگیری چندسیستمی و اختلالات ایمونولوژیک بیماری تأکید داشت.
از همان توصیفات اولیه ای که از بیماری شده، درگیری زنان جوان به شکل برجسته ای مورد اشاره قرار گرفته است.
هپاتیت اتوایمیون (AIH) اولین بار در سال ۱۹۶۵ به عنوان یک واژه توصیفی مورد استفاده قرار گرفت. آنتی بادی های مشخصه بیماری و به صورت مشخص ANA، ASMA و ALKM-1، از اوایل دهه ۱۹۶۰ مورد شناسایی قرار گرفتند. این اتوآنتی بادی ها هم اکنون نیز به صورت گسترده برای تشخیص مورد استفاده قرار می گیرند، اما ارتباط شان با پارتوژنز بیماری هنوز مشخص نشده و جست و جوی دراز مدت برای یافتن یک اتو آنتی ژن اختصاصی برای کبد و بیماری تاکنون ناموفق بوده است.
